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bioinfo:oneliners

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Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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bioinfo:oneliners [2021/10/12 11:11] – klorobiontenbioinfo:oneliners [2023/09/12 23:15] (Version actuelle) – klorobionten
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 awk '{if(NR%4==2) {count++; bases += length} } END{print bases/count}' <fastq_file> awk '{if(NR%4==2) {count++; bases += length} } END{print bases/count}' <fastq_file>
 +
 +# keep online lines with col 5 & 4 of length == 1char
 +
 +zgrep -v "\.\/\.:\." Merged.vcf.gz | awk '{if (length($5)==1 && length($4)==1) print $line}'
 +</code>
 +
 +Find last modified files from active directory.
 +<code>
 +find $1 -type f -exec stat --format '%Y :%y %n' "{}" \; | sort -nr | cut -d: -f2- | head
 </code> </code>
bioinfo/oneliners.1634029915.txt.gz · Dernière modification : 2021/10/12 11:11 de klorobionten