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bioinfo:oneliners

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bioinfo:oneliners [2021/09/08 11:49] – klorobiontenbioinfo:oneliners [2021/10/18 15:35] – klorobionten
Ligne 1: Ligne 1:
 +<code>
 for filename in *.fa; do sed -i '/>Recurrent fasta name/c\>'$filename'' $filename; done for filename in *.fa; do sed -i '/>Recurrent fasta name/c\>'$filename'' $filename; done
 +</code>
 ====  all VCF to vcf.gz ==== ====  all VCF to vcf.gz ====
  
Ligne 7: Ligne 8:
 ls *.vcf | xargs -n1 -P0 bgzip ls *.vcf | xargs -n1 -P0 bgzip
 </code> </code>
 +
 +===== AWK =====
 +<code>
 +awk '{if(NR%4==2) {count++; bases += length} } END{print bases/count}' <fastq_file>
 +
 +# keep online lines with col 5 & 4 of length == 1char
 +
 +zgrep -v "\.\/\.:\." Merged.vcf.gz | awk '{if (length($5)==1 && length($4)==1) print $line}'
 +</code>
 +
 +
 +
 +
bioinfo/oneliners.txt · Dernière modification : 2023/09/12 23:15 de klorobionten