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bioinfo:oneliners

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bioinfo:oneliners [2021/09/08 11:49] – klorobiontenbioinfo:oneliners [2023/09/12 23:15] (Version actuelle) – klorobionten
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 +<code>
 for filename in *.fa; do sed -i '/>Recurrent fasta name/c\>'$filename'' $filename; done for filename in *.fa; do sed -i '/>Recurrent fasta name/c\>'$filename'' $filename; done
 +</code>
 ====  all VCF to vcf.gz ==== ====  all VCF to vcf.gz ====
  
Ligne 6: Ligne 7:
  
 ls *.vcf | xargs -n1 -P0 bgzip ls *.vcf | xargs -n1 -P0 bgzip
 +</code>
 +
 +===== AWK =====
 +<code>
 +awk '{if(NR%4==2) {count++; bases += length} } END{print bases/count}' <fastq_file>
 +
 +# keep online lines with col 5 & 4 of length == 1char
 +
 +zgrep -v "\.\/\.:\." Merged.vcf.gz | awk '{if (length($5)==1 && length($4)==1) print $line}'
 +</code>
 +
 +Find last modified files from active directory.
 +<code>
 +find $1 -type f -exec stat --format '%Y :%y %n' "{}" \; | sort -nr | cut -d: -f2- | head
 </code> </code>
bioinfo/oneliners.1631094566.txt.gz · Dernière modification : 2021/09/08 11:49 de klorobionten